Kuntayhtymän ylintä päätösvaltaa käyttää kuntayhtymän valtuusto. Se päättää kuntayhtymän niistä asioista, jotka kuntalaissa on säädetty valtuuston tehtäväksi.

Valtuusto valitsee toimikaudekseen hallituksen, jonka tehtävistä määrätään perussopimuksessa. Valtuusto valitsee sairaanhoitopiirin johtajan, johtajaylilääkärin ja hallintoylihoitajan.

Valtuusto valitsee toimikaudekseen tarkastuslautakunnan ja tilintarkastajan. Näiden tehtävistä määrätään tarkastussäännössä.

Hallituksen alaisuudessa toimii kuntayhtymän konsernipalvelut, jota johtaa sairaanhoitopiirin johtaja. Konsernipalvelut on järjestäytynyt uudelleen vastuualueisiin vuoden 2020 alusta. Sairaanhoitopiirin johtaja ja hänen välittömässä alaisuudessa toimiva hallinto vastaavat hallituksessa käsiteltävien asioiden valmistelusta ja täytäntöönpanosta. Lisäksi konsernipalvelut vastaa yhteistyöstä jäsenkuntien ja erityisvastuualueen kanssa, perusterveydenhuollon ja sosiaalipalveluiden tarkoituksenmukaisen työnjaon ja yhteistyön kehittämisestä, yhteydenpidosta valtion viranomaisiin sekä sosiaali- ja terveydenhuoltoalan valtakunnallisesta ja kansainvälisestä yhteistyöstä. Konsernipalvelujen tehtävänä on myös luoda edellytykset toimialueiden toiminnalle ja tukea niitä tehtäviensä suorittamisessa, varmistaa toimialueiden ​välisen yhteistyön toimivuus sekä vastata erikoissairaanhoidon, perusterveydenhuollon ja sosiaalipalveluiden tarkoituksenmukaisen työnjaon ja yhteistyön kehittämisestä.