Kallon saumojen luutuminen ja kallon periksiantamattomuus voivat johtaa neurologisiin, hermostollisiin seurauksiin. Oireita voi aiheuttaa myös lisääntynyt kallonsisäinen paine ( kts. aivopaineen mittaus). Älyllistä jälkeenjääneisyyttä, oppimisvaikeuksia ja käytöshäiriöitä esiintyy, mutta vaihtelu esiintyvyydessä on suurta (May D 1996). Hermostolliset ongelmat ovat yleisesti ottaen tavallisempia usean sauman luutumisongelmissa. Sagittalisauman enneaikainen luutuminen (venekallo) aiheuttaa harvoin kehitysviivettä. Henkinen kehityshäiriö on yleisempää Apertin taudissa kuin Crouzonin taudissa. Pfeifferin syndroomassa henkisen kehityksen jälkeenjääneisyys on harvinaista. Yleistäen voidaan todeta, että jos vain yksi kallon saumoista on luutunut ennenaikaisesti, eikä muita synnynnäisiä kehityshäiriöitä ole, potilas kehittyy normaalisti.

Aivopaineen kohoaminen on yleistä erityisesti Aperin ja Crouzonin syndroomassa. Yksinkertaisissa craniosynostoosseissa aivopaineen kohoaminen on sitä todennäköisempää, mitä useampi sauma on luutunut. Keskimäärin joka neljännellä (23 %) craniosynostoossipotilaalla on kohonnut aivopaine. Aivopaineen nousu on epätodennäköistä (6 %) otsasauman ennenaikaisessa luutumisessa.

Kallon saumojen luutuminen ennenaikaisesti voi joissakin tapauksissa vaurioittaa aivohermoja. Erityisesti näkö- ja kuuloaisteista vastaaviin aivohermoihin voi tulla vaurioita. Luutumishäiriöihin on myös raportoitu liittyvän lisääntynyttä riskiä epilepsiaan, eri tutkimuksien mukaan 1-24 %:lla potilaista.