​Kallon epämuodostumat hoidetaan aina yleisanestesiassa, eli potilaat ovat nukutettuina koko leikkauksen ajan. Lasten nukutuksesta vastaavat lasten anestesiologian erikoislääkärit, joilla on erityinen koulutus ja kokemus juuri lasten hoidosta. Lasten anestesiologiseen hoitoon kalloleikkauksen aikana kuuluu kolme keskeistä asiaa: a) lapsen nukutus eli leikkauksen aikainen "uni" b) kivunhoito ja c) peruselintoimintojen turvaaminen.

a) Lapsen nukutusta valmistellaan jo vuodeosastolla ennen leikkaussaliin siirtymistä, kun lapselle annetaan ns. "esilääke". Esilääkkeet ovat neste- tai tablettimuotoisia lääkkeitä, jotka rauhoittavat ja unettavat, ja vähentävät lapsen pelon kokemusta. Leikkaussaliin siirryttyään lapselle laitetaan tippayhteys verisuoneen (usein käsiin, jalkoihin tai hartianalueen verisuoniin), ja varsinaiset nukutusaineet annostellaan nestemäisenä liuoksena suoraan verenkiertoon. Lapsen nukahdettua hänelle laitetaan hengitysputki suun tai nenän kautta henkitorveen, ja putken kautta lapselle annetaan happea ja mahdollisesti kaasumaisia nukutuslääkkeitä.

Lapsille käytetään perinteisiä turvalliseksi havaittuja nukutusaineita. Allergiset reaktiot nukutusaineille ovat harvinaisia, mutta jos suvussa on esiintynyt poikkeavia reaktioita nukutusaineille, ne kannattaa mainita.

Unessa lapselle laitetaan seurantaa ja hoitoa varten tarvittavat varusteet, kuten lisä verisuonikanyylit ja virtsakatetri.

b) Leikkauksenaikainen ja erityisesti leikkauksen jälkeinen kivunhoito on erityisen tärkeää lapsipotilailla. Yleensä kalloleikkauspotilaille annetaan leikkauksen aikana suonensisäisesti jatkuvana annoksena tai useina yksittäisiä annoksina voimakasta kipulääkettä, kuten fentanyyliä. Leikkauksen jälkeen lapselle voidaan laittaa kipulääkettä peräpuikkona peräsuoleen, ja lisäksi verisuonensisäinen kipulääkitys jatkuu.

c) Anestesialääkärit ja anestesiahoitajat valvovat koko leikkauksen ajan, että potilaan yleistila ja peruselintoiminnot, kuten verenpaine, sydämen pulssi, ruumiin lämpötila ja virtsaneritys ovat hyvällä tasolla. Lapsille annetaan nesteytystä verenkiertoon, ja tarpeen mukaan esimerkiksi sydämen toimintaan vaikuttavia lääkeaineita.

Yleensä kalloleikkauspotilaat siirtyvät leikkaussalista heräämöön lasten teho-osastolle toipumaan nukutuksesta. Kun tehoseurannalle ei ole enää tarvetta, lapsi siirtyy edelleen takaisin lastenkirurgian vuodeosastolle. Tuossa vaiheessa leikkauksenjälkeistä kipua ja särkyä hoidetaan tavanomaisilla lääkityksillä.

Nykyaikainen yleisanestesia, nukutus, on turvallinen ja siitä toipuu nopeasti. Nykykäsityksen mukaan lapsille ei jää leikkauksen ajasta henkisiä traumoja, pelkoja tai pysyviä kiputiloja.