​Kallon epämuodostumien hoito on pääsääntöisesti kirurginen leikkaushoito. Ala on kansainvälisestikin arvioiden suhteellisen nuori, ja sen tutkimus- ja kehitystoiminta on vilkasta. Kallon epämuodostumien leikkaushoito lienee yksi nopeimmin kehittyviä kirurgian osa-alueita tällä hetkellä.

Maailmalla käytetään myös leikkaushoidon sijaan ns. kypärähoitoa. Tämä hoito perustuu siihen, että lapselle valmistetaan yksilöllinen kypärä, joka sallii pään kasvun toivottuun suuntaan, mutta estää kasvun ei toivottuun suuntaan. Hoito edellyttää, että kypärää käytetään lähes koko vuorokauden. Hoito kestää noin vuoden ja kypärä joudutaan uusimaan parin kuukauden välein pään kasvaessa ja muotoutuessa. Toistaiseksi kypärähoitoa ei Suomessa ole juurikaan käytetty.

Yleistäen voidaan todeta, että kalloleikkauksessa poistetaan luutunut sauma, jolloin kallon joustavuus palautuu ja aivoille tulee tilaa kasvaa ja laajentua, sekä pyritään saamaan aikaan mahdollisimman normaalin muotoinen kallo. Leikkaus pyritään tekemään mahdollisimman pian ongelman toteamisen jälkeen, ja viimeistään kuuteen ikävuoteen mennessä, jolloin kallon kasvu keskimäärin lakkaa. Avatun sauman reunat joko jätetään avoimiksi niin, että ne myöhemmin kasvun myötä kasvavat uudestaan kiinni toisiinsa, tai ne kiinnitetään toisiinsa erilaisilla levyillä. Nykyisin käytetään usein ns. sulavia levyjä, jotka häviävät elimistöstä vähitellen sitä mukaan, kun levyn tuomaa tukea ei enää tarvita. Joskus kalloon kiinnitetään laajenninlaitteita, joiden avulla kallon tilavuutta voidaan vielä leikkauksen jälkeen pikku hiljaa laajentaa. Näissä laajenninlaitteista tuodaan ihon läpi näkyviin säätömekanismi, jolla laajentaminen tapahtuu jälkeen päin.

Leikkaushoitoon liittyy pieni riski leikkauksenaikaisesta verenvuodosta, joka voi olla erityisen haitallista lapsen vähäisen verimäärän vuoksi. Tähän varaudutaan suuresti noudattamalla mahdollisimman hyvää leikkaustekniikkaa sekä huolellista vuotojen hallintaa. Toisaalta pienet lapset toipuvat leikkauksista erityisen nopeasti, ja muutamassa kuukaudessa lasten kallo on saavuttanut normaalin kasvuvauhdin. Muita riskejä leikkauksessa ovat kovan aivokalvon vauriot ja tulehdukset. Mahdolliset aivokalvovauriot paikataan leikkauksen aikana, ja jälkiongelmat ovat harvinaisia. Anestesiakomplikaatiot ovat myös yksi riski, mutta lasten anestesioihin perehtyneiden osaajien käsissä harvinaisia. 

Potilaiden hoitoon kuuluu kirurgisen hoidon lisäksi olennaisesti myös kokonaisvaltainen ongelmien ratkominen. Tarpeen mukaan tehdään näkötutkimuksia, kuulotutkimuksia ja psykologisia tutkimuksia sekä perinnöllisyysasioiden selvittelyä. Potilaiden perheille järjestetään keskusteluapua kallo-halkiohoitajan kanssa ja heille pyritään ohjeistamaan vertaistukea aiemman potilasjoukon tai potilasyhdistysten kautta.